Ryczałt od przychodów ewidencjonowanych nie zwalnia lekarza z Krajowego Systemu e-Faktur, ponieważ obowiązki w KSeF zależą od statusu VAT i rodzaju nabywcy, a nie od formy opodatkowania PIT. Lekarz rozliczający się ryczałtem odbiera faktury kosztowe w systemie od 1 lutego 2026 r. i wystawia w nim faktury dla podmiotów gospodarczych od 1 kwietnia 2026 r.
KSeF dla lekarzy na ryczałcie oznacza obowiązek wystawiania i odbierania faktur ustrukturyzowanych w Krajowym Systemie e-Faktur przez lekarza prowadzącego praktykę i rozliczającego przychody ryczałtem ewidencjonowanym. Zakres tego obowiązku wyznacza status VAT lekarza oraz to, komu wystawia dokument.
Ryczałt zmienia sposób liczenia podatku dochodowego. Lekarz płaci 14% od przychodu z usług w zakresie opieki zdrowotnej i prowadzi ewidencję przychodów zamiast księgi przychodów i rozchodów. Fakturowanie pozostaje niezależne od tego wyboru.
Przepisy o KSeF znajdują się w ustawie o VAT, a nie w ustawie o zryczałtowanym podatku dochodowym. System pyta o dwie rzeczy: czy powstaje obowiązek wystawienia faktury oraz kto jest nabywcą.
Większość świadczeń zdrowotnych korzysta ze zwolnienia z VAT. To zwolnienie dotyczy podatku od towarów i usług, a nie samego systemu e-faktur. Podatnicy zwolnieni podmiotowo i przedmiotowo wystawiają faktury B2B w KSeF na zasadach ogólnych.
Lekarz na ryczałcie i lekarz na podatku liniowym mają w KSeF identyczne obowiązki, o ile prowadzą taką samą sprzedaż. Różnica dotyczy wyłącznie rozliczenia dochodu.
Faktura wystawiona szpitalowi, przychodni lub spółce medycznej jest transakcją B2B. Nabywca podaje numer NIP, więc dokument trzeba wystawić w KSeF od 1 kwietnia 2026 r.
Ministerstwo Finansów opisuje ten przypadek wprost w oficjalnym FAQ. Lekarz na kontrakcie cywilnoprawnym wystawiający jedną fakturę miesięcznie na 20 000 zł ma obowiązek stosowania KSeF od 1 kwietnia 2026 r. Przekroczenie progu 10 000 zł zamyka drogę do fakturowania poza systemem.
To dotyczy większości lekarzy kontraktowych. Pojedyncza faktura za dyżury albo za świadczenia w placówce zwykle przekracza ten limit.
Wystawianie faktur na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej w KSeF jest dobrowolne. Zasada obejmuje faktury B2C wystawiane przed 1 lutego 2026 r. i po tej dacie.
Pacjent gabinetu prywatnego występuje jako konsument. Dokument dla niego możesz wystawić na papierze, wysłać w PDF albo wystawić w KSeF dobrowolnie. Wybór należy do gabinetu.
Gdy zdecydujesz się na wystawienie faktury w systemie, przekaż pacjentowi wizualizację z kodem QR. Osoba prywatna bez numeru NIP nie ma standardowego dostępu do KSeF. Numer KSeF faktury pozwala jej pobrać dokument w trybie dostępu anonimowego w Aplikacji Podatnika KSeF.
Poniższe zestawienie porządkuje typowe konfiguracje w praktyce lekarskiej.
|
Sytuacja |
Status VAT |
Wystawianie faktur w KSeF |
Odbiór faktur kosztowych |
|
Kontrakt ze szpitalem, sprzedaż powyżej 10 tys. zł/mies. |
Zwolniony przedmiotowo |
Obowiązkowe od 1 kwietnia 2026 r. |
Obowiązkowy od 1 lutego 2026 r. |
|
Gabinet prywatny, wyłącznie pacjenci indywidualni |
Zwolniony przedmiotowo |
Dobrowolne (B2C) |
Obowiązkowy od 1 lutego 2026 r. |
|
Medycyna estetyczna, usługi dla firm |
Czynny podatnik VAT |
Obowiązkowe od 1 kwietnia 2026 r. |
Obowiązkowy od 1 lutego 2026 r. |
|
Mały gabinet, sprzedaż fakturowana do 10 tys. zł/mies. |
Zwolniony przedmiotowo |
Poza systemem do 31 grudnia 2026 r. |
Obowiązkowy od 1 lutego 2026 r. |
|
Orzeczenia i opinie dla firm ubezpieczeniowych |
Czynny podatnik VAT |
Obowiązkowe od 1 kwietnia 2026 r. |
Obowiązkowy od 1 lutego 2026 r. |
Do 31 grudnia 2026 r. podatnik może fakturować poza KSeF, jeżeli łączna wartość sprzedaży z podatkiem udokumentowana fakturami w danym miesiącu nie przekracza 10 000 zł brutto. Ułatwienie obejmuje małe gabinety lekarskie.
Limit działa jednorazowo. Przekroczenie progu oznacza obowiązek wystawienia w KSeF faktury przekraczającej limit oraz wszystkich kolejnych. Powrót do fakturowania poza systemem nie jest możliwy, nawet gdy w następnym miesiącu sprzedaż spadnie.
Do progu wliczasz wyłącznie faktury objęte obowiązkiem KSeF. Sprzedaż na rzecz osób fizycznych udokumentowana paragonem oraz faktury konsumenckie pozostają poza tym rachunkiem. Od 1 stycznia 2027 r. obowiązek obejmie również te najmniejsze podmioty.
Ryczałt wyłącza rozliczanie kosztów w podatku dochodowym. Obowiązek odbioru faktur w KSeF pozostaje jednak niezależny od formy opodatkowania i dotyczy każdego podatnika z numerem NIP.
W praktyce oznacza to, że dokumenty za media, leasing samochodu, sprzęt medyczny, materiały jednorazowe, serwis aparatury czy oprogramowanie trafią do Twojego konta w systemie. Dostawcy przestaną wysyłać je mailem.
Faktury zakupowe zachowują wartość dowodową przy leasingu, ubezpieczeniu, gwarancjach i ewentualnej kontroli. Warto je pobierać na bieżąco, nawet gdy nie wpływają na wyliczenie ryczałtu.
Porada specjalisty onBiznes.pl: Lekarze na ryczałcie najczęściej popełniają jeden błąd – zakładają, że skoro nie rozliczają kosztów, to KSeF ich nie dotyczy. System nie pyta o formę opodatkowania, tylko o numer NIP. Zalecamy ustawić automatyczne pobieranie faktur zakupowych i powiadomienia e-mail już teraz, bo dostawca mediów nie przypomni Ci o dokumencie, którego nie odebrałeś. Druga sprawa: jeżeli prowadzisz gabinet i jednocześnie masz kontrakt ze szpitalem, sprawdź comiesięcznie sumę faktur B2B. Przekroczenie 10 000 zł zamyka furtkę do fakturowania poza systemem na stałe, a wielu lekarzy orientuje się dopiero po fakcie.
Lekarz prowadzący praktykę jako jednoosobowa działalność gospodarcza ma uprawnienia właścicielskie automatycznie. System przypisuje je do numeru NIP, więc żadne zgłoszenie nie jest potrzebne.
Logujesz się Profilem Zaufanym albo kwalifikowanym podpisem elektronicznym. Po uwierzytelnieniu możesz nadać uprawnienia księgowej lub pracownikowi rejestracji.
Praktyka prowadzona w formie spółki działa inaczej. Spółka partnerska lekarzy bez kwalifikowanej pieczęci elektronicznej składa formularz ZAW-FA i wskazuje w nim jedną osobę fizyczną. Ta osoba nadaje dalsze uprawnienia elektronicznie.
Ostatni punkt obsługuje Portal KSeF onBiznes. Nasza aplikacja pobiera faktury sprzedaży i zakupu bezpośrednio z Krajowego Systemu e-Faktur, wysyła powiadomienia e-mail i prowadzi obieg akceptacji między gabinetem a biurem rachunkowym. Komentarze zostają przy dokumencie, więc ustalenia z księgową nie giną w skrzynce.
Sprzedaż wystawisz w module fakturowania onBiznes, który obsługuje zarówno fakturę ustrukturyzowaną dla szpitala z numerem NIP, jak i zwykły dokument dla pacjenta. Jeżeli zrezygnujesz z ryczałtu na rzecz zasad ogólnych lub podatku liniowego, rozliczenia przejmie nasza Księga Przychodów i Rozchodów.
Tak. Forma opodatkowania nie wpływa na obowiązki w systemie, które wynikają ze statusu VAT i rodzaju nabywcy.
Nie. Podatnicy zwolnieni przedmiotowo wystawiają faktury dla firm w KSeF na zasadach ogólnych od 1 kwietnia 2026 r.
Nie. Wystawianie faktur na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności w systemie KSeF jest dobrowolne.
Od 1 lutego 2026 r. Obowiązek objął każdego podatnika z numerem NIP, niezależnie od formy opodatkowania i statusu VAT.
Użyj Profilu Zaufanego lub kwalifikowanego podpisu elektronicznego. Uprawnienia właścicielskie masz przypisane do NIP automatycznie.
Fakturę przekraczającą próg i wszystkie kolejne wystawiasz już w KSeF. Powrót do fakturowania poza systemem nie jest możliwy.
Tak, mimo braku wpływu na wyliczenie podatku. Dokumenty przydają się przy leasingu, gwarancjach, ubezpieczeniu i kontroli.
Tak. Nadaj biuru rachunkowemu uprawnienie na jego numer NIP albo uprawnij konkretną osobę fizyczną do pracy w systemie.